Po inkubační době (průměrně 3 měsíce) dojde k rozvoji infekce. Ta je většinou bezpříznaková (odborně latentní) a lze ji prokázat jen speciálním testem. V takové fázi může infekce přetrvávat měsíce, roky i desetiletí aniž by se jakkoliv projevila. Mnohem častěji je však záhy zlikvidována vlastní obranyschopností. Přejde-li infekce do aktivního stádia, je možno již prokázat změny infikovaných buněk. Toto vyšetření se provádí mikroskopicky vyšetřením cytologického stěru, nebo kolposkopickým vyšetřením. Typickým projevem takového stádia onemocnění (odborně označovaného jako subklinická papilomavirová infekce) je nález charakteristických buněk – koilocytů. Také v této fázi je většina onemocnění zlikvidována obranyschopností. Jen u malého počtu nakažených dojde k rozvoji skutečných změn způsobených vlivem infekce. Změny mohou vznikat brzy po infekci, ale také až po řadě let, kdy byla infekce v klidovém (latentním) stádiu. Hlavní onemocnění, které pod vlivem HPV mohou takto vzniknout, jsou předrakovinové změny, rakovinové nádory a pohlavní bradavice.