Očkování má velmi málo nežádoucích účinků – může se objevit zarudnutí místa vpichu, horečka, bolestivost místa vpichu apod. Jde o potíže málo závažné a přechodné, jedná se převážně o projevy žádoucí reakce imunitního systému na očkovací látku. Očkování nikdy nemůže způsobit infekci HPV, protože obsahuje neinfekční částečky podobné viru. Data pro očkování v těhotenství nejsou dostatečná, a proto se v těhotenství neočkuje. Očkování je rizikové i pro pacienty s vážným onemocněním imunitního systému. V případě dlouhodobého onemocnění je proto vždy nutná konzultace s ošetřujícím lékařem, zda onemocnění není překážkou očkování.